Imnportante! El orden de los parámetros es -ss -i -t -codec

ffmpeg -ss 00:00:00 -i origen.mpg -t 00:00:05 -codec copy destino.mpg

Mencoder no está en jessie

mencoder -ovc copy -oac copy -ss 111 -endpos 222 -o cortado.mpg -idx original.mpg

111 ⇒ segundo inicial 60 ⇒ corta 1 minuto a partir del segundo 111

vídeo 30Mb

VIDEO:  [H264]  1024x576  24bpp  25.000 fps  1826.9 kbps (223.0 kbyte/s)
AUDIO: 44100 Hz, 2 ch, floatle, 96.0 kbit/3.40% (ratio: 11999->352800)