Imnportante! La opción -t tiene que ir después de -i

avconv -ss 00:00:00 -i origen.mpg -t 00:00:05 -codec copy destino.mpg

Mencoder no está en jessie

mencoder -ovc copy -oac copy -ss 111 -endpos 222 -o cortado.mpg -idx original.mpg

111 ⇒ segundo inicial 60 ⇒ corta 1 minuto a partir del segundo 111